On pense que le bâtiment initial date du règne de l’empereur Maurice (582-602), cependant la construction que l’on peut voir aujourd’hui est du tournant du millénaire. Lors des fouilles de 1966, on a découvert de curieuses inscriptions figurant sur deux peintures murales et indiquant l’église sous le nom de "Panaghia Kyriotissa”. Le monastère est néanmoins identifié avec certitude en tant que celui du Christ Akataleptos construit sous le règne de Justinien Ier et même dans deux actes de donations sous Mehmet le Conquérant.
La décoration intérieure a largement souffert du temps et de la transformation du monastère, d’abord en église catholique durant l’invasion latine, ensuite en mosquée sous les Ottomans. Des parties du revêtement de marbre datant de la période romaine et des restes de l’iconostase du XIe siècle sont encore visibles. Des fragments sculptés se trouvent à l’ouest ainsi que des fragments de mosaïque et de peinture de l’époque latine au temps ou l’église était dédiée à Saint-François d’Assise. Une autre mosaïque et une peinture racontant la vie de ce saint, sont conservées au musée Archéologique d’Istamboul et s’avèrent être les plus anciennes connues à ce jour.
L’ancienne église tient son nom actuel (Kalenderhane), des derviches Kalender auxquels l’édifice et les dépendances avaient été confiés. Ils y fondèrent une loge et une école (au sud), aujourd’hui totalement disparues.
Des traces du monastère romain, sont encore visible au nord, entre la mosquée et l’aqueduc de l’empereur Valens.