La petite ville de Mudanya en Bithynie, s’appelait Myrleia et était une colonie de Colophon, certainement fondée au VIIe siècle avant J.C. Philippe V de Macédoine, le frère de Persée, mentionne la ville comme propriété du roi de Pergame, puis après une guerre contre Prusias, elle passe au royaume de Bithynie. Le roi Prusias, donna à Myrleia, le nom de sa femme Apamée (Apameia).

La ville fut détruite au XIIIe siècle par les barbares (les Francs), qui reconstruisirent la place en lui donnant le nom de Montignac. Les Romains reprirent la ville aux Francs un peu plus tard et le nom changea encore, et devint Mudanya (Moudania).
Orhan Bey prit la ville aux Romains en 1321 et l’incorpora à l’Empire ottoman naissant. Mudanya devait connaître une période de paix jusqu’à l’occupation grecque (1920-1922).

Le 12 septembre 1922, le traité de Mudanya fut signé à la résidence Alexandre Ganianoff, entre les forces républicaines turques et le royaume de Grèce, signifiant la capitulation grecque et l’évacuation de l’Asie Mineure et de la Thrace, par les forces d’occupation.

En 1923, suite au traité de Lausanne, la population orthodoxe de Mudanya, devait quitter la ville et s’installer en Grèce, où ils fondèrent Nea Moudania (Nouvelle Mudanya), près de Salonique. Dans les mêmes temps, des réfugiés musulmans de Crète et de Bulgarie, s’installèrent en ville.

Depuis 1928, le nom de la ville s'écrit officiellement : Mudanya.