Le nom et la date de construction de cette église sont controversés, mais l’on pense que le bâtiment d’origine fut élevé sous le règne de Léon Ier, par deux patriciens romains Galbien et Candide en 458. La mosquée que l’on voit aujourd’hui est néanmoins une construction postérieure au Ve siècle.

Galbien (Galbios) et Candide (Candios) avaient effectué un pèlerinage en Terres Sainte. Ils se reposèrent chez une vieille femme juive nommée Anne qui avait en sa possession la robe de Marie qui l’avait légué à sa servante le jour de la Dormition. Transmise de mère en fille pendant des générations, cette robe était conservée dans un coffret en bois maintenu dans une pièce de la maison où de nombreux pèlerins et malades venaient y prier.
Galbien et Candide profitèrent de la nuit pour s’accaparer de la sainte Relique qu’ils emportèrent à Constantinople. Ils firent élever l’église St Pierre et St Marc dans le quartier des Blachernes pour abriter la sainte Robe et le Maphorion (voile) de sainte Marie. Le coffret fut remplacé par un écrin d’or (Aya Soros).

L’empereur Léon III fit construire une autre chapelle à proximité de l’église voisine de Notre-Dame des Blachernes en 473, afin d’abriter les saintes Reliques auxquelles on attribue de nombreux miracles, notamment l’échec du siège des Arabes en 717 et celui des Russes en 864.
Le miracle « habituel » se produisait tous les vendredis à l’heure des Vêpres. Le voile de soie qui recouvrait l’icône de sainte Marie se relevait lentement et laissait apparaître l’image. Il restait suspendu ainsi pour ne retomber que le samedi à la même heure.
Tous les vendredis une procession partait de l’église des Blachernes pour se rendre à l’autre grand sanctuaire marien de la ville, Notre-Dame de Chalcopratée ou était conservé la sainte Ceinture.
Toutes ces reliques ont été emportées par les Croisés lors de l'occupation latine de Constantinople entre 1204 et 1251.

L’église St Pierre et St Marc fut transformée en mosquée sous les Ottomans. De nos jours, le bâtiment est très bien conservé, aussi bien à l’intérieur qu’à l’extérieur; mais néanmoins, il ne reste aucune trace des fresques et des mosaïques d’origine.
Lors de fouilles, on a retrouvé les fonds baptismaux qui furent transférés au musée Archéologique.
Le jardin autour de la mosquée est aménagé en parc. Du coté nord, on peut y admirer un cadran solaire de l'époque ottomane.