On pense que cette église fut construite sur les ruines byzantines du monastère de la Vierge de la Pénitence. Le bâtiment actuel est de 1830. Plusieurs icônes anciennes sont visibles dans l’église, dont celle de saint Michel, protecteur du Bosphore. Les terrains ecclésiastiques autour du bâtiment, sont immenses.

A l’Epiphanie, la communauté orthodoxe de Çengelköy assiste au lancé de la croix, dans les eaux du Bosphore. Ce rituel a lieu dans plusieurs quartiers d’Istanbul et devant le patriarcat de la Nouvelle Rome au Fener.